Pada tahun antara sembilan puluhan akhir dan di awal tahun dua ribuan, pada umumnya situasi kemasyarakatan di Papua berada dalam situasi yang panas dan bergejolak. Hal ini dipicu adanya gejolak gelombang reformasi yang melanda bangsa dan negara Indonesia. Situasi itu, kemudian menantang para Pemimpin gereja di Papua untuk bersuara dan memberikan peran sertanya bagi terwujudnya Papua yang aman dan damai. Para Pemimpin gereja dari berbagai denominasi, mereka mulai berhimpun dalam pertemuan-pertemuan yang terbatas, menanggalkan semua perbedaan dan mulai mempererat persaudaraan karena panggilan hati dan kemanusiaan bagi Papua. Awalnya, hanya sedikit saja Para Pemimpin gereja yang terlibat, tetapi makin lama makin banyak Para Pemimpin gereja yang melibatkan diri untuk memberikan suaranya; menganalisa situasi, menghadapi dan menangani berbagai persoalan untuk menciptakan kehidupan bersama yang aman dan damai di bumi Cenderawasih.

Semangat kebersamaan yang oikumenis serta dilandasi kasih terhadap umat yang dilayani itulah yang akhirnya melahirkan Persekutuan Gereja-Gereja di Papua (PGGP). Dalam kemurahan Tuhan, akhirnya pada bulan Mei tahun 2002 bertempat di Kantor Sinode Gereja Kristen Injili (GKI) di Tanah Papua, Para Pimpinan persekutuan yang terdiri dari pimpinan aras Persekutuan Gereja Indonesia (PGI) Wilayah Papua, Persekutuan Gereja-gereja dan Lembaga-lembaga Injili Indonesia (PGLII) Wilayah Papua, Persekutuan Gereja Pentakosta Indonesia (PGPI) Wilayah Papua bersama Keuskupan Jayapura bersepakat membentuk Forum Kerjasama Gereja-gereja yang disebut Persekutuan Gereja-Gereja di Papua (PGGP). Forum itu dibentuk sebagai wahana bersekutu, berdialog, berkomunikasi, bermusyawarah dan mengkaji berbagai hal yang berhubungan dengan karya pelayanan pastoral gereja dibidang kemanusiaan dan kerohanian.